Intervenções especificas e acompanhamentos arqueológicos de obras de construção civil, visando a salvaguarda de eventuais testemunhos encontrados, permitiram achados que cobrem vários séculos e períodos – Pré-História (encontram-se, de momento, em museus de Lisboa); Idade do Ferro os quais, devido à sua localização, não se encontram a descoberto; o período romano está amplamente representado na Alcáçova: estruturas habitacionais, cisternas, podium do templo e materiais diversos; a Idade Média é, naturalmente, a mais profícua: período visigótico existem materiais (cerâmica e pétreos) e uma cancela de altar (Igreja de S. João Evangelista, Alfange); período islâmico: por toda a cidade (inclui Ribeira de Santarém e Alfange) encontram-se traços de ocupação desta época, em especial estruturas negativas (silos) donde provém a maioria do material. Deste, salientamos algumas peças que se destacam pela sua raridade: escápula com inscrição, moeda em ouro (dinar), candelabro.
De referir ainda ao nível funerário a identificação da grande necrópole islâmica da cidade (Largo Cândido dos Reis), e ao nível urbano a identificação da cisterna associada ao que se pensa ser um palácio na Praça Sá da Bandeira e as fundações islâmicas da muralha medieval na zona do Arco do Moniz. Do período cristão temos estruturas identificadas por todo o centro histórico, sejam elas habitacionais, urbanas ou funerárias.