A Igreja de São João do Hospital ou de Alporão, construída no século XII, surgiu no âmbito das lutas político-religiosas da reconquista cristã.
Dado o seu enquadramento, fora do perímetro das muralhas, a igreja de S. João constituiu um ponto nevrálgico na organização urbana de Santarém. Possuía uma torre românica circular, que, juntamente com a Torre do Relógio (Cabaceiro) imprimia ao conjunto um carácter militar-defensivo. No último quartel do século XVIII ocorreu, por deliberação camarária, a demolição da Porta do Alporão e da torre da igreja.
Em 1834, extinto o monaquismo, a igreja foi adquirida por um particular que a transformou em arrecadação. No século XIX, o edifício foi transformado em teatro, aqui tendo sido representadas as peças românticas da altura.
Historiadores e arquitetos da segunda metade do século XIX reconheceram o valor histórico do edifício que, após restauro, abriu ao público em 1889, como Museu Distrital. Em 1910 o edifício foi classificado como Monumento Nacional e beneficiou, em sucessivas etapas, de obras de restauro e conservação. A sua municipalização deu-se durante o período da 1ª República.
O Museu é hoje detentor de um espólio arqueológico e cultural valiosíssimo. Quanto à arquitetura, a construção da igreja sofreu várias influências estéticas o que permite integrá-la nas correntes artísticas do Românico e do Gótico.
